SHoKo heeft een bestuur dat verantwoordelijk is voor de algemene gang van zaken en samen met het managementteam het beleid van SHoKo ontwikkelt en vaststelt. Het bestuur telt 2 personen. Één van de bestuursleden is tevens werkzaam als huisarts binnen SHoKo.
Daarnaast kent SHoKo een raad van commissarissen die is samengesteld uit drie onafhankelijke personen.